經濟部商業司「網際網路商業應用計畫」的執行單位資策會，由7月1日至12月31日之間，進行「B2B EC總體衡量指標調查」，結果顯示有將近一半的企業已進行企業間電子商務，而網路交易安全疑慮則為企業導入B2B EC的最大障礙，而多數中型企業在成本效益考量下，決定不導入B2B EC的狀況下，將會影響到大型企業的導入成效。
此次調查研究對象是針對6大產業，包括綜合零售、藥妝業、3C流通業、圖書業、旅遊業、成衣服飾業，有效樣本共432份。根據調查顯示，目前已經有將近一半企業已使用專屬網路或Internet進行企業間電子商務，其中商品型錄、接單、訂單追蹤為現階段B2B EC主要應用領域，目前電子郵件仍為企業與上下游之間的主要傳遞方式，不過仍有32％的企業，不願導入EC應用。
以99年企業B2B交易金額佔整體營運比重與2000年相較，企業透過專線或Internet向上下游接單的比例都呈倍數成長，而事實上B2B EC對企業效率及成本也有頗大的幫助，包括降低人事成本、降低生產成本、縮點交貨期限、降低客服成本，但以業務聯繫與採購成本成效最為顯著。
而台灣企業導入B2B EC營運面瓶頸，則有經營階層認知不足、缺乏資訊人才、資訊化程度不足、原有營運模式不適用網路交易，不過上下游配合意願則是營運面的關鍵因素，而多數中型企業在成本考量下不導入電子商務，將會影響到大型企業導入成效。
